使用Cygwin，Linux程序需要重新编译，但使用Linux子系统Linux程序可以不用修改直接运行。Red Hat宣布，Cygwin 库的下一个版本将采用LGPL v3许可证。Cygwin库之前采用的是GPL许可证，采用更宽松的LGPL后将方便企业在其产品中使用Cygwin。Cygwin库是Cygwin项目 的核心，Cygwin项目目的是让Windows系统运行原生Linux程序，但在微软推出Linux兼容子系统后该项目看起来可能有点重叠了。
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